Trên sân Thống Nhất, ở cuộc “diễn tập” cuối cùng trước khi bước vào V-League 2006, đội quân của HLV Đặng Trần Chỉnh đã sớm dẫn trước An Giang (AG) nhờ bàn thắng của Đinh Cường. Tuy nhiên, với lối chơi thiếu mạch lạc, gắn kết, đặc biệt là ở hiệp 2, Thép Miền Nam Cảng Sài Gòn (TMNCSG) đã suýt thua khi để AG ghi bàn gỡ hòa 1-1 vào cuối trận. Phải nhờ đến tài năng của thủ môn Hoàng Duy, TMNCSG mới vượt qua được đội khách trong loạt sút luân lưu (thắng 5-4) để giành quyền đi tiếp.
Trong khi đó, trên sân Hàng Đẫy, trong màu áo Hòa Phát Hà Nội (HPHN), Ngô Quang Trường – cầu thủ vừa được cơ quan điều tra triệu tập để làm rõ nghi án mua chức vô địch ở Pjico SLNA – đã ghi bàn duy nhất loại… đội bóng xứ Nghệ khỏi Cúp Quốc gia. Trước đó, hai đội chơi trong thế giằng co và HPHN chỉ chiếm ưu thế khi Achinike của đội khách bị truất quyền thi đấu. Chi tiết đáng lưu ý trong trận này là lần thứ hai liên tiếp sau trận siêu cúp, trọng tài Vũ Bảo Linh bị HLV đội khách phản ứng vì thiên vị chủ nhà.
Ở các trận đấu diễn ra trong ngày 7-1, Bình Dương ngã ngựa ngay trên sân nhà khi để Khatoco Khánh Hòa (KKH) lội ngược dòng thắng 2-1. Bên cạnh An Giang, các đại biểu hạng nhất khác của giải đấu này là Halida Thanh Hóa (thua Mitsustar Hải Phòng 1-2) và Đồng Tháp (thua GĐTLA 0-1) đều đã bị loại. Trong khi đó, “đại gia” Hoàng Anh Gia Lai cũng nói lời chia tay cúp quốc gia sau khi để thua Midako Nam Định với tỉ số 1-3. Đà Nẵng giành quyền đi tiếp sau khi thắng LG Hà Nội ACB 5-4 ở loạt sút luân lưu (2 đội hòa 1-1 trong 2 hiệp chính).