Dẫn chương trình lễ bốc thăm là người mẫu nổi tiếng H.Klum. Ngoài ra, tham dự buổi lễ còn nhiều quan chức của các liên đoàn bóng đá, như chủ tịch FIFA S.Blatter, chủ tịch UEFA L.Johannsen, các huyền thoại bóng đá như Pele, J.Cruyff, các huấn luyện viên dẫn dắt 32 đội bóng cùng hơn 2000 phóng viên trên khắp thế giới. Sau những màn giới thiệu về nước chủ nhà, lịch sử của các kỳ World Cup, giám đốc truyền thông của FIFA, ông Markus Siegler đã đứng ra chủ trì buổi lễ.
Ông M.Siegler lần lượt mời các cự danh thủ Roger Milla, Christian Karembeu, Johann Cruyff, Lucas Radebe, Cobi John, vua bóng đá Pele, tuyển thủ Nhật Bản M.Nakayama, L.Matthaus lên sân khấu để chọn ra những cái tên chia đều vào 8 bảng.
32 đội được chia làm 4 nhóm căn cứ theo thành tích ở 2 kỳ World Cup trước cùng với bảng xếp hạng của FIFA. Cụ thể, trong đó một nửa dựa vào thành tích ở World Cup mà giải 2002 được tính hệ số 2, còn giải 1998 thuộc hệ số 1. Nửa còn lại dựa vào thứ tự trong bảng xếp hạng FIFA của các năm 2003, 2004, 2005. Chủ nhà Đức và đương kim vô địch Brazil lần lượt được chia vào hai bảng A và F.
Ở lượt bốc thăm đầu tiên, lần lượt các đội thuộc nhóm 1 được phân bố về các bảng theo thứ tự như sau: Anh (B), Argentina (C), Mexico (D), Ý (E), Pháp (G) và Tây Ban Nha (H).
Sau đó, các huyền thoại J.Cruyff, vua bóng đá Pele, người mẫu H.Klum, L.Matthaus cùng những cầu thủ còn lại lần lượt bốc ra những lá thăm có tên và thứ tự phân bố của các đội thuộc nhóm 2, 3, 4 vào 8 bảng với thứ tự như sau:
Bảng A: Đức, Costa Rica, Ba Lan, Ecuador
Bảng B: Anh, Paraguay, Trinidad & Tobago, Thụy Điển
Bảng C: Argentina, Bờ Biển Ngà, Serbia, Hà Lan
Bảng D: Mexico, Iran, Angola, Bồ Đào Nha
Bảng E: Ý, Ghana, Mỹ, Séc
Bảng F: Brazil, Croatia, Úc, Nhật Bản
Bảng G: Pháp, Thụy Sĩ, Hàn Quốc, Togo
Bảng H: Tây Ban Nha, Ukraine, Tunisia, Ẩ Rập Xê Út
Sau khi thứ tự các đội của 8 bảng đã được xác định, trận khai mạc vòng chung kết World Cup 2006 cũng được ấn định giữa chủ nhà Đức và tuyển Costa Rica vào ngày 9-6-2006 (giờ châu Âu) tại Munich. Đó là một sự thay đổi so với trước đây khi các trận khai mạc World Cup thường là cuộc chạm trán giữa những nhà đương kim vô địch với một đội bóng mới. Như vậy, đương kim vô địch Brazil sẽ khởi đầu chiến dịch bảo vệ danh hiệu của mình khi tiếp Croatia vào ngày 12-6 ở Berlin.