Ngày 4-1-2006, AFC sẽ tổ chức lễ bốc thăm chia bảng vòng loại tại Kuala Lumpur, Malaysia. Việc quan trọng nhất là chọn các đội hạt giống phân đều vào 6 bảng cho 24 đội tham gia (một số ĐT yếu quá xin rút lui); trong đó lần đầu tiên đội ĐKVĐ Nhật Bản cũng phải thi đấu vòng loại theo sự đổi mới của World Cup.
Tiêu chí phân loại các đội thành 4 nhóm có điểm không hợp lý lắm là căn cứ vào thành tích ở giải lần trước, do đó, 2 đội giành quyền dự World Cup là Hàn Quốc và Saudi Arabia (bị loại ở tứ kết và vòng bảng kỳ trước) rớt xuống nhóm B; đội cũng giành quyền dự World Cup 2006 khác là Australia, vì mới chuyển từ Châu Đại Dương qua Châu Á nên bị xếp hạng… thấp nhất, nhóm D! Giải có 9 nhà tài trợ chính thức. Vòng loại khởi tranh ngày 22.2.2006, hai đội đứng đầu 6 bảng giành quyền dự VCK cùng 4 đội chủ nhà.